فلوت های عرضی ساخته شده از استخوان حیوانات در اروپا در دوران پارینه سنگی استفاده می شد. این سازها را مسلماً می توان اجداد فلوت دانست. با این حال، تا قرن شانزدهم در دوره رنسانس بود که نمونه اولیه فلوت که چنین نقش برجسته ای را در ارکستر مدرن ایفا می کند برای اولین بار ظهور کرد و مورد استفاده گسترده قرار گرفت.
اصطلاح “فلوت” در ابتدا هم برای ابزارهای لوله ای که به طرفین نگه داشته می شدند و هم برای ابزارهای لوله ای که به صورت عمودی نگه داشته می شدند به کار می رفت. بنابراین، ضبط عمودی نگه داشته شده نیز “فلوت” نامیده می شد. در واقع، تا اواسط قرن هجدهم (دوران موسیقی باروک)، کلمه “فلوت” معمولاً برای توصیف دستگاه ضبط استفاده می شد. برای تشخیص فلوت عرضی از ضبط‌کننده، در ایتالیایی به‌عنوان flauto traverso، در آلمانی به‌عنوان Querflöte، و در فرانسوی به‌عنوان فلوت traversière نامیده می‌شد که همگی به معنای «فلوت نگه‌داشته شده به پهلو» است.

از دوره رنسانس، اصلاحات مختلفی به فلوت اضافه شده است.
فلوت های اولیه کلید نداشتند. فلوت‌ها در دوره رنسانس ساخت بسیار ساده‌ای داشتند که شامل بدنه استوانه‌ای با سوراخ دهانه‌ای و هفت سوراخ انگشت بود. آنها همچنین می‌توانستند نیم‌تن‌های خاصی تولید کنند.
در نیمه دوم قرن هفدهم، فلوت هایی با بدنه مخروطی شکل و یک کلید منفرد ظاهر شد. با این مکانیسم، برای اولین بار تقریباً تمام نیم‌تون‌ها را می‌توان بر روی فلوت نواخت. امروزه این ساز به “فلوت باروک” معروف است.

ئوبالد بوهم، سازنده سازهای بادی آلمانی، یک نوع انقلابی جدید از فلوت را در نمایشگاه پاریس در سال 1847 به نمایش گذاشت. این فلوت دارای یک لوله فلزی با کلیدهای متعدد بود. با فلوت های قبلی، حتی گرفتن یک نت از آنها دشوار بود و فواصل بین نت ها متغیر بود. با این حال، ساز بوهم پیشرفت چشمگیری داشت و بر این کاستی ها غلبه کرد.
بوهم با اصلاحات عمده خود، اساساً فلوت امروزی را خلق کرد.